Markotabödöge területén már a kőkorszakban is éltek emberek. Az Árpádkori térképen is különálló helyként szerepel Markota, illetve Bedegh község. Markota lakott helyen, Bedegh pedig gyéren lakott helyen van feltüntetve.
Bödögét 1161-ben III. István király Nyáry Lőrincnek adta Bedegh néven, innét nyerte a család a bedeghi nemesi előnevet.
Markota - Morgota 1222-ben Péter ispán birtokán volt. A falvak, birtokok, viszontagságos életét a 16-17. században hatalmasok erőszakoskodásai mutatják. 1519-ben Asszonyfalvy Gáspár foglalta el Bödögét, 1536-ban Poky Menyhért tette rá a kezét Markotára. 1550-ben a János lovagok kónyi jobbágyai és az uthaliak támadtak rá fegyveres erővel. A két község a győri Székeskáptalan birtokába került. A népmonda szerint Török Bálint felesége a férjét szerette volna kiváltani a török fogságából, ezért kellett eladnia a bödögei birtokát. A törökdúlás után, 1603-ban felhívást bocsátott ki a káptalan Markota megtelepítésére. A két falut 1610-ben egyesítik Markota és Bedege néven. 1683-ban a Bécs alá vonuló török csapatok pusztították, rabolták ki a falut. A kuruc háború után békésebb idők következtek.
Az 1720-as évben a község lakóinak száma: 152.
Bödögén volt egy kerek templom (rotunda) az Árpád korból. Körülötte temetkeztek.
Az 1848-49-es szabadságharcban 8 honvéd harcolt az egyesített községből. Az első világháborúban 200-an vonultak hadba, közülük hősi halált haltak 44-en. Ezekben az években a község lakóinak száma már az 1400-at is meghaladta. A káptalani cselédség átlag családja 1 szobában élt és 2 családra jutott egy közös konyha. A jómódú gazdák arra törekedtek, hogy több földet szerezzenek. A Székeskáptalan uradalma 400 holdjával 25 családnak nyújtott szűkös megélhetést.
1944-ben a falut kétszer bombatámadás érte, halálos áldozatai is voltak. A második világháború hősi halottainak és áldozatainak száma 50 fő. Sokan csak évek múlva kerültek haza a hadifogságból.
1945-ben megalakult a Községi Nemzeti Bizottság, valamint a földosztó bizottság. Kiosztásra került a Székeskáptalan birtokából 382 kh, 181 földigénylő kapott földet. A volt gazdasági cselédek, agrárproletárok, kisparasztok nehéz körülmények között kezdtek hozzá a gazdálkodáshoz.
1948-ban megalakult az első termelőszövetkezet 10 taggal. 1950-56 között 47 új ház épült a juttatott házhelyeken. Ugyanakkor megindult a nagygazdák üldözése, kitelepítése. A beszolgáltatások mértéke magasra emelkedett.
1956 októberében tüntetéssel fejezték ki együttérzésüket a Budapesten harcolókkal. A forradalom leverése után 120 fiatal külföldre emigrált.
1969-ben a község gazdálkodóit újra tsz-be kényszerítették. Ennek következtében sokan kerestek munkát a közeli városokban.
1973-ban a községet közigazgatásilag Kóny községhez csatolják. Ez visszavetette a falu fejlődését.

1990-ben megalakult újra a község önálló önkormányzata, Markotabödöge község ismét önálló lett. Az önkormányzatok támogatása az első szabad választások után megnövekedett.

A falu jelképei: címere és zászlaja.

Címer: Az első mezőben látható búzakalászok a sarlóval és az M B betűkkel arról a pecsétről származnak, amelyet egy 1785-ben keletkezett nemesi közgyűlés jegyzőkönyvén találtak. A második mezőben levő latin kereszt a lakosság katolikus mivoltát jelképezi. Az ezüst hullámos pólya a településen keresztül folyó Keszeg-ér jelképe.Az alsó vörös mezőben pedig az egykori körtemplomra emlékeztető ábra szerepel. A korona csak dísz.